משרד המדע והטכנולוגיה אמון על קידום תשתיות המדע והטכנולוגיה בישראל. תפקידי המשרד כוללים פיתוח קשרי מדע וקהילה, מחקר ופיתוח בפריפריה וקשרי מדע בינלאומיים.
המשרד אחראי על תיאום המו"פ הממשלתי באמצעות פורום מדענים ראשיים של משרדי הממשלה.
משרד המדע שותף לתכנית Israel NewTech בעיקר ברובד פיתוח המשאב האנושי, על ידי תמיכה במחקרים אקדמיים בתחום המים ותמיכה במלגות לתארים מתקדמים בתחום האנרגיה המתחדשת.